A coordenação geral da SNCT é de responsabilidade do Ministério da Ciência e Tecnologia, por meio do Departamento de Popularização e Difusão de C&T da Secretaria de C&T para a Inclusão Social. Mas a organização e a realização da SNCT conta com a participação ativa de governos estaduais e municipais, de instituições de ensino e pesquisa e de entidades ligadas à C&T de cada canto do País.