A coordenação nacional da SNCT é de responsabilidade do Ministério da Ciência e Tecnologia, por meio do Departamento de Popularização e Difusão de C&T da Secretaria de C&T para a Inclusão Social. Em cada estado existem coordenações locais e a realização da Semana conta com a participação ativa de governos estaduais e municipais, de instituições de ensino e pesquisa e de entidades ligadas à C&T de cada região do País. Muitos estados e municípios já criaram suas Semanas Estaduais ou Municipais de C&T articuladas com a SNCT.