A Secretaria de Ciência e Tecnologia para a Inclusão Social do MCT através de seu Departamento de Popularização e Difusão de Ciência e Tecnologia, é quem coordena as atividades nacionalmente. A organização da Semana também conta com a participação de governos estaduais e municipais, de instituições de ensino e pesquisa e de entidades ligadas à ciência e tecnologia.